Несмотря на большие усилия и природоохранные меры, не все хорошо в экологии Йосемитского национального парка.Вымерло 3 вида фауны, 40 видам  угрожает опасность исчезновения. В этом виноваты   загрязнение атмосферы, изменение климата, лесные пожары и,  внемалой степени, человеческий вандализм и неуважительное, потребительское отношение к природным сокровищам.К сожалению, истощение озонового слоя приводит к постепенному уничтожению уникальных секвойядендронов.Кроме того на территории парка произрастает уже более 130 видов растений завезенных людьми.К сожалению, эти растения вытесняют местные  уникальные виды

В июле 1996 года в Йосемитском национальном парке произошел местный катаклизм. Обвалилась гиганская гранитная скала объемом 78000 куб м и весом в несколько сот тысяч тонн.Скала оторвалась от поверхности гранитного массива  и со скоростью 117 метров в секунду врезалась в дно каньона. При ударе выделилась энергия  в половину килотонны в тротиловом эквиваленте, что вызвало ударную волну, повалившую на площади в 4 гектара лес и убившую одного человека.Возникли значительные сейсмические возмущения, которые были зарегистрированы на значительном расстоянии.